停工損失是季節(jié)性和日常修理過程中發(fā)生的，這個是可以作為成本入賬的。如果因為政府要求的停工損失，這是非正常狀態(tài)下發(fā)生的，計入營業(yè)外支出。
關于發(fā)票的問題。
《發(fā)票管理辦法》第二十條 銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發(fā)生經營業(yè)務收取款項，收款方應向付款方開具發(fā)票；特殊情況下由付款方向收款方開具發(fā)票。
第二十一條 所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項時，應當向收款方取得發(fā)票。取得發(fā)票時，不得要求變更品名和金額。
由于不是銷售、提供服務等經營活動的行為，所以不需要開具發(fā)票的。這個需要雙方賠償協(xié)議和支付憑證入賬的。
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